Outre les branches exécutive, législative et judiciaire du gouvernement, un certain nombre d’autres agences exercent des fonctions indépendantes. La Cour constitutionnelle peut déclarer une loi inconstitutionnelle, juger un appel concernant la destitution d’un officiel de haut rang et décider de la dissolution d’un parti politique au nom de la constitution. La Cour constitutionnelle se compose de trois juges nommés par le président, trois juges nommés par l’Assemblée nationale et trois juges nommés par le juge en chef de la Cour suprême. Le président de la Cour constitutionnelle est nommé par le président avec le consentement de l’Assemblée nationale.

La Commission d’élection nationale est chargée des problèmes relatifs aux élections, à l’organisation légale des référendums, aux partis politiques et aux financements politiques. Un membre de la Commission n’est pas autorisé à rejoindre un parti politique ni à s’engager dans aucune activité politique. Les membres sont élus pour six ans et élisent eux-mêmes leur président.

La National Human Rights Commission of Korea (NHRCK, Commission nationale coréenne des droits de l’homme) est chargée de faire respecter et de protéger la dignité et les valeurs des êtres humains en tant qu’individus souverains en protégeant et promouvant leurs droits fondamentaux. La Commission a été créée en novembre 2001 suite à la demande populaire d’amélioration du respect des droits de l’homme, demande exprimée tout au long du processus de démocratisation. La Commission est également chargée des problèmes d’infraction au respect des droits de l’homme et de discrimination impliquant des étrangers résidant ou travaillant dans le pays.